基本的には自然治癒できる病気ですので、水分や栄養補給に気をつけて安静に過ごすようにします。抗生剤を処方されたり、咳や鼻水、鼻づまりといった症状に応じて薬が処方されたりしますので、用法用量を守って服用しましょう。

抗生剤による治療で問題となっているのが、薬剤耐性のマイコプラズマ肺炎の増加です。これまで使われてきたマクロライド系の抗生剤（クラリス、クラリシッド、ジスロマックなど）が効かないマイコプラズマ肺炎が増えています。薬剤耐性マイコプラズマの場合でもマクロライド系の抗生剤での治療が第一選択となりますが、場合によっては、テトラサイクリン系抗生剤（ミノマイシンなど）やニューキノロン系抗生剤が処方されることがあります。これらにも副作用がありますので、十分な注意が必要となります。